自2012年4月1日起，福建省行政区划内原湄洲湾港的四个港区(肖厝港区、斗尾港区、秀屿港区、东吴港区)、泉州港的三个港区(泉州湾港区、深沪湾港区、围头湾港区)以及莆田港的兴化湾港区，合并组成湄洲湾港。原泉州市港口管理局、莆田市港口管理局及其相关机构相应并入福建省湄洲湾港口管理局。依据《港口法》、《福建省港口条例》、《福建省航道条例》等法律、法规的规定，整合后的福建省湄洲湾港口管理局依法行使港口管理职能，负责泉州市、莆田市辖区内港口、航道的规划、建设、养护、管理等工作。
整合后的湄洲湾港八个港区对外称湄洲湾港兴化湾港区、湄洲湾港东吴港区、湄洲湾港秀屿港区、湄洲湾港肖厝港区、湄洲湾港斗尾港区、湄洲湾港泉州湾港区、湄洲湾港深沪湾港区、湄洲湾港围头湾港区。
东汉时，泉州已成为南北海上交通的枢纽。南朝时，泉州已开始与海外展开海上交通的来往。安史之乱后，唐代陆上丝绸之路遭中断，南方的海路便应时而生。泉州凭其优越的条件成为当时海上交通的重要港口和中外经济交流的枢纽。因为当时外销的主要货物是丝绸，所以泉州通往海外的航线被称为“海上丝绸之路”。后来，它又被称为“香瓷之路”，因为外销的货物还有瓷器、茶叶等。海上丝绸之路同时也带来了西方先进的科学技术、天文知识等，泉州因此成为中外科技文化交流的枢纽。“刺桐是世界上最大的港口之一，大批商人云集，货物堆积如山……”马可·波罗的这句话，印证了泉州刺桐港当时的繁荣。
宋元年间，海路贸易量十分庞大，带来了丰厚的经济利益。宋哲宗元祐二年（公元1087年），泉州设立市舶司，专责处理海上贸易事务。这一措施，使泉州成为名副其实的东方第一大港。
